1867–1886 йилларда Туркистон генерал-губернаторлиги ҳарбий-ҳудудий бирликлар – округлар, бўлимлар ва районларга бўлинган эди. Қўқон хонлиги тугатилиши муносабати билан Фарғона водийси маркази Янги Марғилон бўлган Фарғона вилояти номи билан губернаторлик таркибига киритилди. Фарғона вилояти ҳудудида Андижон, Қўқон, Марғилон, Наманган, Ўш ва Чуст уездлари бўлиб, улар билан бир вақтда Чимён (1879 йилдан Исфара) уезди тузилган эди, унинг ҳудуди 1881 йили Қўқон ва Марғилон уездларига бўлиб юборилди.