Proteolitik fermentlarga ta’sir etuvchi asosiy substrat – bu oqsil moddalardir. Ularga (oddiy oqsillar) faqat aminokislotalardan tuzilgan proteinlar va tarkibiga oqsil tabiatli molekulalardan tashqari oqsil bo`lmagan (uglevodlar, vitaminlar, yog`lar va boshqalar) molekulalar xiliga kiruvchi murakkab oqsillar ham tegishli.