Болалар госпитал жаррохлиги бўйича тузилган ишчи дастур болаларда кенг тарқалган хирургик ва онкологик касалликларини оддий ёки асоратли кечишларини ўрганишга, диагностикасига, даволаш усулларига, шунингдек реабилитация ва профилактикасига бағишланган. Дастурда торакал, абдоминал, йирингли, урология, онкология, прокотология ва чақалоқлар жаррохлиги амалиётида кўп кузатиладиган касалликларни ўргатиш кўзда тутилган. VI курс талабаларига машғулотлар стационарда олиб борилади.