Андижон вилояти шимолий ғарбда Наманган вилояти билан чегарадош бўлиб, чегара Қорадарё ва қисман Сирдарёдан ўтади. Вилоят ғарбда Фарғона вилояти билан чегарадошдир. Чегара асосан, аҳоли гавжум жойлардан ва суғориладиган текисликлардан ўтади. Вилоятнинг шарқий қисми Қирғизистоннинг Ўш вилояти билан чегарадошдир.