Основной лечебной мерой является антибактериальная терапия и применение уроантисептиков с учетом чувствительности и вида микроорганизмов. Часто применяют антибиотики: пенициллин, стрептомицин, левомицетин, тетрациклин, эритромицин, неомицин, неграм, 5-НОК, гентамицин и последнее время широко применяется цефалоспорины 2 и 3 ряда. При вторичном пиелонефрите лечение следует начинать с восстановления пассажа мочи из почки.