Предполагается, что активный центр эндоглюконаз содержит несколько сорбционных центров, ответственных за связывание моносахаридных остатков. Каталитический участок их активного центра обладает повышенным сродством к конформации «полукресло» глюкозил-катиона и состоит, по-видимому, из двух карбоксильных групп.