Интенсивное развитие орошаемого земледелия и дренажа земель в государствах бассейна Аральского моря, при одновременном росте водопотребления на промышленные и коммунально – бытовые нужды, вызвало увеличение объемов отбора пресных вод и сброса в водные источники загрязняющих веществ вместе с возвратными водами. Основными источниками загрязнения являются остатки агрохимикатов, которые вымываются в дренажные системы и смешиваются с речной водой. Вторым по степени влияния на качество водных ресурсов источником загрязнения являются сточные воды из систем коммунально-бытовой и промышленной канализации.